Pod koniec lat 90, działacze Górnika Siersza i Hutnika Trzebinia podjęli rozmowy, mające na celu stworzenie w mieście jednego, silnego klubu sportowego z sekcją piłki nożnej. W sprawę zaangażował się także Urząd Miasta. Borykające się z dużymi problemami finansowymi obydwa trzebińskie kluby, postanowiły poddać się fuzji. W roku 2000, powołano do życia Miejski Klub Sportowy „Trzebinia-Siersza”. Ustalono, że drużyna zgłoszona zostanie do rozgrywek 4 ligi małopolskiej, a swoje mecze rozgrywać będzie na lepiej zlokalizowanym stadionie Hutnika przy ulicy Krakowskiej.
Prezesem klubu został burmistrz Adam Adamczyk, a pierwszym trenerem dotychczasowy opiekun piłkarzy Górnika Siersza - Bogdan Przygodzki.
